Pierdes menús. Capítulos, no.el m2ts que he generado con ts muxer te refieres? ah pues lo voy a probar. Osea perderé los menús, capítulos y tal (eso me da igual) pero podré ver el archivo con DV y el subtítulo?
Como te digo, reconoce DV y evidentemente podrás seleccionar la pista de subtítulos que quieras.