Por defecto MakeMKV te selecciona todas las pistas que contenga algo de vídeo, salvo algunas que duren realmente poco, pero también se cuelan otras muchas, no necesitas más que la principal, esa es la peli, normalmente se sabe claramente por el tamaño de decenas de gigas y la presencia de capítulos. Deselecciona todas las pistas y selecciona sola la principal (a veces, según le pelí verás que MakeMKV te indica algo así como MainFeaturete, ea, pues esa es la peli).
También puedes decidir con qué quedarte, porque lo mismo no te interesan los audios en otros idiomas o los subtítulos en otros idiomas, o ciertos formatos de audio, etc. Deselecciona lo que no te interese.