Por fin ya me salen, por si a alguien le vale explico aquí como lo hago yo (al menos en el caso de los fulluhd míos es la única forma que sale)
Como crear un MKV compatible con DOLBYVISION para PLEX (al menos al momento de escribir este texto):
Paso el index.bdmv de la carpeta bdmv por el makemkv y ahí tiene que haber uno de película con capítulos, pero también tiene que haber otro clip de vídeo (de unos 580 590 KB) que es el que tiene los metadatos de DV (sin usar este archivo YO no consigo el Dolbyvision). Con el makemkv paso los dos archivos a contenedor mkv, y después llevo los dos archivos resultantes a multiplexar en mkvtoolnix, aquí he encontrado que es fundamental empezar a incorporar los archivos por el orden adecuado( si no no funciona) PRIMERO el archivo de PELÍCULA y DESPUÉS el CLIP DE VÍDEO, que hay que copiarlo entero (puede llevar vídeo y audio) y asegurarse de que el clip NO está como salida(audio y vídeo) predeterminada. Del archivo de película marcamos el vídeo como pista predefinida SI y como pista forzada SI (he encontrado que si no lo hago así me salta el vídeo del clip en vez de la película) y como predeterminada de salida el audio de la película la que queremos SI. podemos grabar o desmarcar las pistas de audio y subtítulos que queramos, pero es mejor dejar como principal de salida uno que no sea audio hd por si el usuario que la vaya a ver no dispone de un reproductor compatible con ese audio hd, porque en ese caso si es através de Plex este mete mano en el archivo y ya no tienes ni dolbyvision ni na...
Espero que sirva de ayuda a alguien, y yo quiero agradecer las indicaciones previas de DOCTORSIRIUS, y a AVPASION por ser un lugar de referencia para todo aquel que quiera aprender y estar al día del "know how" de este mundillo. GRACIAS.